Ứng dụng điện di ngang
Điện di ngang được ứng dụng trong nhiều phân tích để trả lời các nghi vấn sinh học khác nhau. Dưới đâu là một số ứng dụng điện di ngang phổ biến được thực hiện ở các phòng thí nghiệm trên khắp thế giới.
Ứng dụng điện di ngang để xác định kích thước ADN
Kích thước của phân tử ADN có thể được xác định bởi so sánh kích thước của đoạn ADN đã biết. Đoạn ADN đã biết kích thước được phân tách trên gel agarose 0.8% cùng với mẫu chưa biết. Giá trị di chuyển tương đối (Rf) của mỗi bằng ADN được tính từ gel agarose. Giá trị di chuyển tương đối và kích thước của ADN được sử dụng để vẽ đường cong chuẩn hóa để tính kích thước của mẫu ADN chưa biết.
Ứng dụng điện di ngang để nghiên cứu tương tác ADN-Protein
ADN là một phân tử tích điện âm và nó tương tác với protein tích điện dương để hình thành nên phức hợp protein-ADN. Kích thước và thể tích thủy động học thay đổi khi ADN tương tác với protein để hình thành nên phức hợp protein-ADN.
Để nghiên cứu sự tương tác ADN-protein, một lượng ADN cố định được ủ với lượng protein tăng dần. Do sự hình thành của phức hợp protein-ADN, thể tích thủy động học của phức hợp tăng và sự biến đổi trong băng sau điện di sẽ được quan sát. ADN có cấu trúc được mở rộng và nó cung cấp vị trí gắn cho một số phân tử protein như protein gắn sợi đơn (SSB). Do đó, một sự chuyển đổi đều đặn trong ADN sẽ được quan sát cho tới khi vị trí gắn ADN không thể tiếp nhận thêm các phân tử protein. Vì vậy, ở cuối của thí nghiệm, chúng ta có thể hiểu một số khía cạnh của DNA và protein
a) Liệu protein X có ái lực đối với ADN và sự tương tác là đặc hiệu hay không đặc hiệu trong tự nhiên
b) Yếu tố ái lực sẽ là gì trong tương tác của ADN với Protein khi tạo phức hợp ADN-protein.
Ứng dụng điện di ngang cho southern blotting
Trong kỹ thuật southern blotting, ADN hệ gene được cắt với EcoRI hoặc BamHI và các đoạn AND được phân tách trên gel agarose. Gel này được ủ với dung dịch kiềm (alkaline) để biến tính sợi đôi ADN thành sợi đơn. ADN được chuyển lên màng nitrocellulose bởi hoạt động mao dẫn bằng áp dụng một áp suất đồng nhất hoặc bởi áp suất hút hoặc bởi đặt khăn giấy ướt. Màng được ủ với ADN không đặc hiệu như ADN hệ gene tuyến ức bê đã được làm gẫy bằng siêu âm để khóa các vị trí gắn trên màng. Một đầu dò phóng xạ sợi đơn được bổ sung với màng và cho phép gắn. Màng được rửa và vết nhuộm được phát triển bởi chụp ảnh phóng xạ. Bổ sung đoạn ADN với trình tự đầu dò gắn với phóng xạ và đưa tới kết quả dương tính.
Ứng dụng điện di ngang cho chiết mẫu (Electroelution)
Như được thảo luận trước đây, băng protein có mặt trong khối gel polyacrylamide được thu bởi chiết mẫu từ gel sau điện di cho sử dụng sau đó. Trong phương pháp chiết mẫu sau điện di, một băng gel được cắt từ SDS-PAGE và được đặt vào trong một túi thẩm tích được hàn ở hai đầu. Túi thẩm tích được chọn lựa sao cho trọng lượng phân tử giới hạn của màng lọc thẩm tích nên thấp hơn protein quan tâm. Túi thẩm tích đưuọc đặt vào trong máy gel nằm ngang với đệm và điện di được thực hiện với một điện áp ổn định. Trong quá trình điện di băng protein di chuyển và cuối cùng ra khỏi khối gel. Do túi thẩm tích, muối và các phân tử nhiễm nhỏ khác đi ra ngoài khỏi túi nhưng protein vẫn được giữ lại trong túi. Protein có thể được thu từ túi thẩm tích cho sử dụng sau đó với quy trình sau đó.
Ứng dụng điện di ngang để phân tích protein kinase
Trong một phản ứng kinase, protein kinase chuyển một nhóm phosphate từ ATP tới cơ chất và truyền một điện tích âm trên phân tử cơ chất. Trong thử nghiệm protein kinase, một peptide với điện tích dương được ủ trong đệm thử nghiệm chứa enzyme, ATP không phóng xạ. Một phản ứng đối chứng cũng được thực hiện ở đó enzyme được lấy từ hỗn hợp thử nghiệm. Cả hai phản ứng thí nghiệm và đối chứng được tra vào giữa gel agarose. Peptide có mặt trong phản ứng đối chứng có một điện tích dương và nó sẽ di chuyển hướng về điện cực âm trong khi peptide thí nghiệm có một điện tích âm và nó sẽ di chuyển về điện cực dương. Thử nghiệm đưa tới thông tin định lượng hoặc bán định lượng về hoạt động protein kinase. Nhưng thử nghiệm này có thể được sử dụng trình tự peptide khác nhau để biết trình tự peptide tối ưu của cơ chất. Thử nghiệm thực hiện dễ dàng và nó không yêu cầu thiết bị đặc biệt.
Trên đây là bài tổng quan về ứng dụng của điện di ngang. Rất hy vọng bài viết này sẽ hữu ích với các bạn. Ngoài ra chúng tôi cung cấp nhiều thiết bị và hóa chất sinh học phân tử như: máy cắt tiêu bản, dao cắt tiêu bản, paraffin, kit tach ADN, trợ pipet, pipet pasteur thủy tinh, pipet 3 ml, bơm tiêm 1ml… Chúng tôi rất mong nhận được sự ủng hộ của quý khách.
